Cytoscape for Win 开源专业高效的生物信息分析软件 附使用教程

Cytoscape官方版是一款专业高效的生物信息分析软件。Cytoscape最新版软件功能强大,能够帮助用户对网络进行构建,用户可以轻松整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制。Cytoscape官方版能够通过集成,分析和可视化数据来达到分析网络的目的。

支持多种标准

Cytoscape支持很多标准的网络和注释文件格式,包括:SIF(Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association。SIF (Simple Interaction Format), GML, XGMML, BioPAX, PSI-MI, GraphML, KGML (KEGG XML), SBML, OBO, 和 Gene Association. 还支持限定的文本文件和MS Excel? Workbook,您可以导入由其他应用程序或电子表格程序生成的数据文件,如表达谱或GO注释。使用该功能,您可以加载和保存节点、边和网络上的任意属性。例如,为您的蛋白质输入一组自定义注释术语,为您的蛋白质-蛋白质相互作用创建一组置信值。

公共数据库客户端

Cytoscape是作为一个网络服务客户端工作的,这意味着Cytoscape可以直接连接外部公共数据库,导入网络和注释数据。这意味着Cytoscape可以直接连接到外部公共数据库,并导入网络和注释数据。目前,我们支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我们还将继续为热门数据库开发新的服务客户端。

互操作性

由于Cytoscape支持导入/导出标准文件格式,你可以很容易地将Cytoscape放入你的工作流程中。例如,如果你有一个由 igraph 或 Bioconductor 生成的网络数据,Cytoscape 可以将该文件以文本表的形式加载,并以 PSI-MI 格式导出,供其他生物信息学工具或你自己的应用程序/脚本使用。

从 3.3 版本开始,Cytoscape 支持 RESTful API 的编程访问。你可以使用你选择的编程语言来访问Cytoscape的核心功能,如创建网络,应用布局,或图像导出。

会话文件

你可以通过一键保存你的工作。所有的设置、数据文件和可视化都打包在一个会话文件中。它被称为Cytoscape会话(.cys)文件。Cytoscape 会话文件包括网络、属性(节点/边缘/网络)、桌面状态(选择/隐藏节点和边缘、窗口大小)、属性、一些插件状态和可视化风格。

布局

在二维空间布局网络。 有多种布局算法可供选择,包括循环、树形、力导向、边缘加权和yFiles有机布局。您也可以使用类似于其他图形应用程序用户界面的手动布局工具。

使用教程:

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